Данный фильм представляет собой уникальное эпическое полотно, в котором переплетаются две параллельные истории, создавая мощный контраст между прошлым и настоящим семьи Корлеоне. Фильм мастерски сочетает в себе черты сиквела и приквела, исследуя истоки могущества клана и его последующую судьбу под управлением нового дона.
Одна из сюжетных линий посвящена становлению молодого Вито Корлеоне. Зритель становится свидетелем его трудного пути от сироты, бежавшего с Сицилии, до уважаемого человека в нью-йоркском районе Маленькая Италия. История повествует о его первых шагах в криминальном мире, о конфликте с местным вымогателем доном Фануччи и формировании философии власти, основанной на уважении и оказании "услуг".
Вторая линия разворачивается в конце 1950-х годов и сосредоточена на доне Майкле Корлеоне, который пытается укрепить легальный семейный бизнес в Неваде. Его холодный и расчетливый ум постоянно сталкивается с новыми угрозами: покушениями, предательством и давлением со стороны властей.